Jürgen Flimm, geboren in Gießen, studierte Theaterwissenschaft, Literaturwissenschaft und Soziologie an der Universität Köln. Zunächst als freier Regisseur und Oberspielleiter tätig, übernahm er 1979 die Intendanz des Schauspiel Köln.
1985 wechselte er ans Thalia Theater Hamburg, das er 15 Jahre lang leitete und zu einem der künstlerisch und wirtschaftlich erfolgreichsten Sprechtheater Deutschlands machte. Zu seinen wichtigsten Inszenierungen in Hamburg gehören Stücke von Tschechow (Platonow, 1989; Onkel Wanja, 1995; Drei Schwestern, 1999), Ibsen (Peer Gynt, 1985; Die Wildente, 1994), Schnitzler (Liebelei, 1988; Das weite Land, 1995) und Shakespeare (Hamlet, 1986; Was ihr wollt, 1991; König Lear, 1992; Wie es euch gefällt, 1998). Mit Luigi Nonos Al gran sole carico d’amore wandte sich Jürgen Flimm 1978 in Frankfurt erstmals der Oper zu. Drei Jahre später folgte an der Hamburgischen Staatsoper Offenbachs Les Contes d’Hoffmann, 1990 in Amsterdam Così fan tutte. Anlässlich dieser Produktion arbeitete er erstmals mit Nikolaus Harnoncourt zusammen, der seither sein wichtigster künstlerischer Partner ist. An der Mailänder Scala, der Metropolitan Opera, dem Royal Opera House, Covent Garden, der Lyric Opera of Chicago, der Berliner Staatsoper Unter den Linden, der Zürcher Oper sowie der Wiener und der Hamburgischen Staatsoper hat Jürgen Flimm in den vergangenen Jahren Werke von Beethoven, Haydn, Mozart, Schubert, Verdi, Gounod, Strawinsky u.a. inszeniert. Im Sommer 2000 erarbeitete er bei den Bayreuther Festspielen einen neuen Ring. An der Metropolitan Opera inszenierte er 2000 Fidelio und 2003 Salome, an der Wiener Staatsoper im Juni 2002 die Uraufführung von Friedrich Cerhas Der Riese vom Steinfeld. Seine Zusammenarbeit mit den Salzburger Festspielen begann 1987 mit Raimunds Der Bauer als Millionär. Es folgten Das Mädl aus der Vorstadt von Nestroy (1989), Hofmannsthals Der Schwierige (1991), Monteverdis L’incoronazione di Poppea (1993) sowie Purcells King Arthur (2004) und Mozarts Lucio Silla (2006).
Jürgen Flimm war Professor an der Universität Hamburg und ist Mitglied der Akademien der Künste in Hamburg, München, Berlin und Frankfurt, Mitglied des Kuratoriums der Rudolf-Augstein-Stiftung sowie Ehrendoktor der Universität Hildesheim. Zu seinen Auszeichnungen zählen u.a. die Medaille für Kunst und Wissenschaft der Freien und Hansestadt Hamburg, der Konrad-Wolf-Preis der Akademie der Künste Berlin, das Bundesverdienstkreuz sowie das Österreichische Ehrenkreuz für Kunst und Wissenschaft.
Von 1999 bis 2003 war Flimm Präsident des Deutschen Bühnenvereins, von 2002 bis 2004 Schauspieldirektor der Salzburger Festspiele. Von 2005 bis 2008 leitete er die RuhrTriennale, von 2006 bis 2010 war er Intendant der Salzburger Festspiele. Seit 2010 bis 2018 war er Intendant der Staatsoper Unter den Linden in Berlin. Am 4. Februar 2023 ist Jürgen Flimm im Alter von 81 Jahren gestorben.